1、权利属性不同。著作权具有人身权和财产权双重属性;而专利权和商标权只是一种财产权不具有人身权的属性。
2、权利授予的机关不同。著作权的取得自作品创作完成时自动取得，不需要向任何机关申请登记即取得著作权;专利权由国家知识产权局授予;商标权由国家商标局授予。
3、保护的条件不同。著作权法保护的作品要求具有独创性，禁止抄袭和剽窃他人作品;专利权要求授予最先申请人，对申请专利的发明创造要求具有首创性;商标权获得注册的前提条件是商标要具有识别性。
4、适用领域不同。著作权法保护的作品适用的领域较广泛，主要涉及文学、艺术和科学领域。而专利权和商标权主要发生在工农业和商业领域中。
5、权利保护期不同。著作权的财产权和人身权中的发表权的保护期为作者终生加上死亡后50年，期满该作品进入公有领域;专利权中发明专利的保护期是20年，实用新型和外观设计的保护期是10年，自申请之日起计算。商标权的保护期为10年，自核准注册之日起计算，期满可以续展，续展的次数不受限制。
6、商标和专利的客体不同：专利保护技术内容，包括发明、使用新型、外观设计。商标保护商标本身，比如图形、文字、它们的组合或者立体商标。
7、商标和专利的保护内容不同：专利保护不得制造、使用、许诺销售、销售、进口同该专利相同或近似的产品。商标保护不得在同类商品上注册相同的商标，如果受保护的是驰名商标，他人即使是不同类商品也不能标注驰名商标。
8、商标和专利的申请程序不同：专利要向国家知识产权局专利局申请，经过初步审查(新型和外观)和实质审查(发明)，最终授予专利权。商标向国家工商总局商标局申请，经过初步审查，公告无异议后核准注册。
以上就是我国法律上对于商标著作权和商标专利权的认定和处理情况，对于两种不同的权利，应当根据申请著作权和专利权时的认定情况而定，在两者存在冲突时，可以按照商标的在先使用权利原则来进行判定。
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