1、商业秘密权利人的侵权行为而遭受的损失。这主要是权利人可计算的财产、收入方面的损失。
包括：(1)研制开发成本，如花费的时间、金钱和付出的财力等;
(2)现实利益损失，如生产成本的降低、销售额的提高、利润率的增加等;
(3)将来可得利益的合理预期。
2、以侵权人因侵权行为获得的利润为赔偿额。具体计算方式可以为：销售量减少的数量乘以每件产品合理利润的乘积;销售减少的总数难以计算的，可以侵权人的产品在市场上销售的总数乘以每件产品的合理利润的乘积作为损失的赔偿额。
3、未能确定权利人的损失或者侵权人所获利润的，可参照商业秘密许可使用或者花费的的合理费用来确定。当商业秘密权利人与他人曾签订商业秘密许可合同时，可采用此种方法计算赔偿额，一般情况下，其许可费用是多少，可推定该数额为赔偿数额。当然，在用该方法确定赔偿数额时，应当综合考虑侵权人的性质、情节以及商业秘密许可的性质、范围、时间等因素，在不低于许可费用至该许可使用费的3倍幅度内确定。法院可以根据权利人的请求及具体的案情，将权利人为进行调查、制止侵权行为、聘请律师费等支付的合理费用计入损害赔偿数额中。
4、定额赔偿。定额赔偿是由人民法院根据案件的具体情况酌情确定的赔偿额。在知识产权案件中，经常会出现原告的损失和被告的获利均无法查明的情况，根据《专利法》第六十五条规定：“权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿”。
对于商业赔偿的计算方法，要考虑侵权行为遭受的损失进行赔偿，包括花费的时间和付出的财力，还有对未来的利益进行合理的预期。而且，在审理相关案件的时候，要根据相关的法律进行审批，避免出现错误。
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