1.两者的权利取得方式比较
申请专利权要按照一定的法定程序，按照我国法律的规定去授予专利权，最后申请专利的技术信息还要向社会公开，并且法定的保护期内对专利权的技术信息独占使用的权利。
想要获得商业秘密权不需要审批，是技术信息的所有人根据法律规定，会签订保密协议，约定这项技术秘密信息在没有公开前，可以有权利无限期使用。举个例子，可口可乐公司做可乐的配方是商业秘密，并且这项信息是不被大众知道的，没有对外公布，那么这个商业秘密可以说是属于可口可乐的技术秘密。
2.两者的权利要求内容比较
专利法规定专利权有三个特性，即创造性、新颖性及实用性，不符合这三性的，任何人可以依法向专利复审委员会提出申请，宣告专利无效。如果有一项专利被宣告无效了，那么与这项专利中有关的所有技术信息就会被认为是公开信息，那么也就同时丧失了两个保护条件，专利权保护和商业秘密保护的可能。
技术信息的新颖性和创造性对于商业秘密来说的要求没那么高，对商业秘密权的取得也与新颖性水平的高低没有实质性的影响。从反不正当竞争法第十条第三款中关于商业秘密的定义中指出，商业秘密已经被权利人采取了一定保密措施的技术信息和经营信息，具有不被大众认识和熟悉的特征、具有为权利人带来经济效益的特征、具有很强的实用性。
3.两者的保护范围比较
发明专利、实用新型专利及外观设计专利，都属于专利的范畴。在专利说明书中有具体的关于专利保护的范围描述，不在说明书描述范围之类的不属于专利的保护范围。
商业秘密不需要通过专利权来保护其技术信息，所以可以是一种设计方案、也可以是一种获得专利的工艺等等。
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