《反不正当竞争法》第20章规定了两种基本的计算方法：一是以被侵权人所受实际损失为认定赔偿额的依据;二是以侵权人所获利润作为认定赔偿额的依据。但是这种计算原则难以在复杂多样的商业秘密侵权案中统一运用，一些省市高级法院在实践中总结了一些具体的计算方法，值得参考采纳。
上海市高级人民法院1997年2月26日《关于进一步加强知识产权审判工作若干问题的意见》提出了三种计算方法：一是以被侵权人所受的损失额为赔偿额;二是以侵权人在侵权期间因侵权所获利润，即扣除成本和税金以外的所有利润作为赔偿额;三是以不低于许可使用费的合理数额作为损失赔偿额，并明确规定
以上三种计算方法，被侵权人有选择权 。
福建省高级人民法院1997年10月17日《关于审理知识产权侵权损害赔偿若干问题的意见》中提出了三种计算方法包括：(一)以被侵权人受到的实际经济损失作为损失赔偿额;(二)以侵权人所获得的全部利润作为损失赔偿额;(三)以不低于许可使用费的合理数额作为损失赔偿额。
江苏省高级人民法院知识产权庭在《技术秘密案件审理中的两个问题》一文中总结了七种计算方法：(一)以被侵权人在侵权产品出现后的产品销量乘以其侵权前后产品销售的利润差;(二)以侵权人的侵权产品销量乘以被侵权人在被侵权前该产品的平均利润;(三)以被侵权人在同等条件下对该技术秘密的转让费作为赔偿额;(四)以被侵权人研制该技术秘密所支付的费用作为赔偿额;(五)以侵权人帐面所记载的盈利情况确定赔偿额;(六)以侵权人的侵权产品销售额减去其成本后的所得利润额作为赔偿损失的数额;(七)以侵权人的侵权产品销量乘以其同一行业一般的利润率。同时指出了上述计算方法的适用条件和注意问题，实践中更加有利于操作。
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